Στο ΕΝΕΕΓΥΛ Ηρακλείου, διενεργούνται κατά τη φετινή χρονιά, 3 προγράμματα Αγωγής Υγείας, από την ομάδα των ψυχολόγων και κοινωνικών λειτουργών, όπου εντάσσονται οι μαθητές ανάλογα με τις ιδιαίτερες ατομικές τους ανάγκες. Συγκεκριμένα, υλοποιούνται:α) Πρόγραμμα Σεξουαλικής Αγωγής και Διαπαιδαγώγησης, με τη συνεργασία ειδικών επαγγελματιών υγείας από την 3η ΤΟΜΥ Ηρακλείου.
β) Πρόγραμμα Συναισθηματικής Αγωγής, με τίτλο «Ο κόσμος των συναισθημάτων».
γ) Πρόγραμμα για την Ασφαλή χρήση των ηλεκτρονικών υπολογιστών και του διαδικτύου- διαδικτυακός εκφοβισμός, με τη συνεργασία των εκπαιδευτικών του τομέα της Πληροφορικής του σχολείου μας.